西交利物浦大學團隊開發(fā)檢驗基因表達“開關(guān)”可靠性的數(shù)據(jù)庫

中國教育新聞網(wǎng)訊（通訊員 王璐謠 寇博）近日，西交利物浦大學理學院生物科學與生物信息學系魏震博士團隊，聯(lián)合利物浦大學研究者，在國際權(quán)威期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上發(fā)表最新成果，推出了整合多種m6A檢測技術(shù)并通過交叉驗證的數(shù)據(jù)庫——m6AConquer。目前，m6AConquer數(shù)據(jù)庫和所有分析工具已免費向全球科研人員開放。

在生命科學研究中，“RNA修飾”就像基因表達的“隱形開關(guān)”，控制著細胞何時、以何種方式制造蛋白質(zhì)。其中最常見的一種叫 m6A（N6-甲基腺苷），它影響著RNA的穩(wěn)定性和蛋白質(zhì)合成效率，被認為與細胞功能乃至疾病發(fā)生密切相關(guān)。長期以來，這個領(lǐng)域一直存在一個“煩惱”：不同實驗室得到的結(jié)果經(jīng)常對不上。同一個基因、同一個核苷酸位點，在一篇論文里被標成“有修飾”，在另一篇論文里卻顯示“沒有”。這種結(jié)果前后不一致的情況，讓科研人員很難判斷究竟哪些修飾是真實的、能重復驗證的。

魏震說：“過去研究者各說各話，現(xiàn)在終于有了一個能‘對齊’所有數(shù)據(jù)的共同坐標系?！?/span>

研究團隊借鑒了國際著名的 ENCODE人類基因組計劃的統(tǒng)計框架，采用 IDR模型來衡量不同檢測方法之間的結(jié)果一致性。最終，他們識別出了超過13.5萬個高置信度的m6A修飾位點（IDR < 0.05），這些位點在不同的正交實驗技術(shù)之間表現(xiàn)出統(tǒng)計顯著的可重復性。

魏震表示：“這項分析首次在該領(lǐng)域中建立了嚴謹?shù)?/span>真實標準（ground truth）數(shù)據(jù)集，讓不同 m6A 檢測方法的性能評估成為可能?？蒲腥藛T可以直接利用這些經(jīng)過多平臺驗證的修飾位點作為統(tǒng)一參考，不再需要為技術(shù)差異反復調(diào)整。這樣不僅提高了研究的一致性和可重復性，也為后續(xù)算法開發(fā)與疾病機理研究提供了可靠的參照系。”

除了確保數(shù)據(jù)的可靠性，魏博士團隊還關(guān)注“可用性”——如何讓這些數(shù)據(jù)更容易被科學家使用。

m6AConquer建立了一個標準化的數(shù)據(jù)共享框架，把原本分散、復雜的多組學原始數(shù)據(jù)重新整理為“分析就緒”的矩陣化格式。這就像把散落在不同國家的字典整合成同一種語言版本，研究人員無需再花大量時間清洗、對齊數(shù)據(jù)，就能直接開展比較、建模和驗證，大幅提升科研效率與可復現(xiàn)性。

魏震表示：“這意味著我們不僅能看到RNA修飾的‘結(jié)果’，還開始理解它背后的‘原因’。有些基因突變可能正是通過影響RNA修飾水平，間接改變了疾病風險……我們希望這一開放資源能夠成為推動表觀轉(zhuǎn)錄組學從‘數(shù)據(jù)整合’走向‘機制理解’的重要一步?！?/p>